1、精度低。温度对于FDM成型效果影响非常大，而桌面级FDM 3D打印机通常都缺乏恒温设备，另外在出料部分缺少控制部件，致使难以精确地控制出料形态和成型效果。这些原因导致桌面级FDM 3D打印机的成品精度通常为0.1～0.3毫米。

2、强度低。受工艺和材料限制，打印物品的性能强度低，尤其是沿Z轴方向的材料强度比较弱，达不到工业标准。

3、打印时间长。需按横截面形状逐步打印，成型过程中受到一定的限制，制作时间长，不适于制造大型物件。

4、需要支撑材料。在成型过程中需要加入支撑材料，在打印完成后要进行剥离。随着技术的进步，市面上已经有水溶性支撑材料，该缺点正在被逐步克服。